为加快推进上海高校创新策源能力提升，充分发挥高校基础研究主力军、原始创新主战场和创新人才培养主阵地的重要作用，2021年5月，上海市教委启动“十四五”期间上海市前沿科学研究基地、上海市协同创新中心建设。
2021年8月，市教委公布前沿科学研究基地认定名单和新一轮协同创新中心认定名单。复旦大学申报的上海市海洋-大气相互作用前沿科学研究基地、上海市智能光电与感知前沿科学研究基地、上海市生殖与发育前沿科学研究基地、上海市病原微生物与感染前沿科学研究基地（培育）、上海市低轨卫星通信技术协同创新中心、上海市智能视觉计算协同创新中心、长三角集成电路设计与制造省部共建协同创新中心（滚动支持）及上海市内镜微创协同创新中心均列入认定名单。
上海市海洋-大气相互作用前沿科学研究基地由大气科学研究院张人禾院士牵头，将深入开展多尺度海-气相互作用观测与机理、极端天气气候事件的规律与可预报性、高分辨率数值模式预报系统研制及应用等三方面的研究。基地将通过大气与海洋学科的交叉，先进技术与前沿研究的结合，努力把基地打造成海-气观测综合性实验先进平台、极端天气气候事件的学术高地以及高分辨数值模式预报系统的研发中心，服务上海市经济和社会可持续发展的重要科技支撑基地。
上海市智能光电与感知前沿科学研究基地由光电研究院褚君浩院士牵头，以解决国家重大需求和科学技术前沿为导向，研究光、电、磁、热、声和生命等多种运动形态相互作用规律及其技术发明和应用，努力提升原始创新能力，发现科学规律，发展核心技术。在光电研究领域形成基础研究、应用基础研究和前沿技术研究融合发展的体系，将自由探索与目标导向有机结合，培养国家级科研人才，推动材料科学与工程、光学工程、电子科学与技术、集成电路科学与工程等学科协同发展。
上海市生殖与发育前沿科学研究基地由附属妇产科医院黄荷凤院士牵头，以遗传性及发育源性出生缺陷防控为总体目标，针对遗传病家族、高危人群、普通人群，开展发育源性疾病的机制研究，寻找出生缺陷发生的机制及防控体系建设的关键点、探索生命早期基因-环境互作所致发育源性疾病的遗传/表观遗传规律，建立遗传性出生缺陷的精准防控体系，建设内容包括开展出生缺陷发生的机制研究及防控体系建设、构建基于AI+5G赋能的出生缺陷大数据平台、开展卵/精子/胚胎/胎儿源性疾病的发生机制研究。
上海市病原微生物与感染前沿科学研究基地（培育）由基础医学院袁正宏教授牵头，将聚焦重大传染病防控的重大需求和关键科学问题，加强关键核心机制攻关和前沿技术集成，着力突破关键科学和技术瓶颈；建立“平战结合”科技协同攻关和技术储备体系，为新型防治技术研发提供创新策源，建设内容主要包括开展重要病原微生物新型体内外研究模型的构建和病原微生物生物学特性研究、重要病原微生物感染和致病机制的研究、干预靶点和干预前沿技术研究。
上海低轨卫星通信技术协同创新中心由信息科学与工程学院迟楠教授牵头，针对新一代宽带卫星互联网建设中空间通信资源紧张、通信速率高速增长、空间信息融合应用等影响天基信息系统应用效能提升的瓶颈问题，围绕我国未来空间信息发展的重大需求，面向上海航天产业发展的需要，联合行业内优势研发和应用单位，开展低轨卫星通信的基础理论和技术应用研究，服务国家重大战略，培养高级人才，建设产业共性关键技术的供给源头、成果转化与转移的创新基地。
上海市智能视觉计算协同创新中心由计算机科学技术学院姜育刚教授牵头，面向经济社会发展的重大需求，开展新一代视觉计算基础理论、共性关键技术、创新平台和行业应用的集中攻关。中心以复旦大学为依托高校，华为、百度、旷视、银联等单位协同支持。中心各单位前期已开展长期合作并取得丰硕成果，接下来将深入推进成立若干校企联合实验室和产教融合人才培养基地，形成以复旦大学为主体，政府引导、多方资源汇聚的人工智能创新策源及人才培养有机协同体。
长三角集成电路设计与制造省部共建协同创新中心由微电子学院严晓浪教授牵头，在上一轮建设期中评估优秀，获得滚动支持。中心从长三角区域集成电路产业重大需求出发，聚焦集成电路产业下一代关键共性技术，重点开展高端制造工艺、微电子新器件、高端FPGA芯片、装备核心技术、以及SiC第三代半导体材料与器件等领域的研发。由高校与龙头企业联合组建创新团队，通过共同承担国家科技重大任务，以及高校、企业的研发投入资金，以重大任务为抓手，形成面向区域与产业重大任务、跨部门、跨学科、有组织的紧密协同，支撑产业整体创新能力提升。
上海市内镜微创协同创新中心由附属中山医院周平红教授牵头，聚焦内镜设备和器械国产化及医疗领域人工智能场景应用的创新发展，形成具有自主知识产权的国产内镜设备、内镜手术导航系统、附属器械及生物制剂，打破国外品牌在中国内镜领域垄断壁垒；形成人工智能内镜辅助诊断及决策系统，实现人工智能在消化内镜诊疗全流程中的应用，将消化道肿瘤的早诊早治率提高10%，推动各协同单位有效汇聚人才及科技资源，形成一支由具有国际影响力的行业领军人才领衔的创新团队，建立完善的临床及基础科研平台。
学校将按照上海市教委的工作要求，强化依托单位主体责任，加强对前沿科学研究基地和协同创新中心的支持保障，指导中心围绕建设规划开展工作，确保各项任务顺利实施。
