习近平总书记在中共中央政治局常务委员会会议上指出，战胜疫病离不开科技支持，要组织动员全国科研工作者参与疫情防控方面的科研攻关。疫情爆发以来，公共卫生学院师生发挥专业优势，积极参与国家和上海市的疫情防控阻击战，为政府决策提供重要参考，贡献复旦力量。
疾病防控专家、上海医学院副院长吴凡，公共卫生学院教师姜庆五、张志杰作为国家卫健委特邀专家前往北京，参与全国疫情的分析研判，为国家疫情防控工作提供咨询建议。同时，吴凡副院长作为上海市政府特邀专家，始终忙碌在决策咨询和科普宣传第一线；何纳、王伟炳、陆一涵、姚烨、赵根明等骨干教师组成核心团队受上海市卫健委委托，在上海市疾病预防控制中心支持下，对上海市新冠肺炎疫情进行分析和流行病学研究，构建上海市新冠肺炎预测预警模型并提供疫情和医疗资源需求动态预测预警，为决策提供重要参考。学院在沪研究生志愿者在陆一涵等老师的带领下，进驻15个区卫健委和疾病预防控制中心，开展流行病学数据核录工作。
流行病学教研室姜庆五、王继伟总结新冠肺炎疫情的早期预警和传报工作，梳理新冠肺炎疫情的早期风险沟通和公众教育的经验及启示及中后期工作要点，并对突发公共卫生事件一级响应的法律法规制度保障进行分析。余宏杰课题组持续收集国家、各省级、地市级卫健委和官方媒体公布的病例数据和疫情发展变化的相关信息，梳理已发表文献，分析新型冠状病毒的流行病学特点和传播动力学参数，为疫情发展预测、疫情防控部署提供科学依据。目前，该研究仍在进行中。
流行病学教研室熊成龙、蒋露芳早在武汉疫情仅有零星报道之时，就综合多方面的资料与生物信息，完成了综述稿件《β-冠状病毒引起人类疾病的流行与控制》并发表在《上海预防医学》，引起了强烈反响，为后续疫情的防控在追溯病毒的中间宿主与传播途径方面提供了有益参考。疫情扩大后，该小组又通过对公用数据库中现有2019-CoV病毒的基因组数据进行了大胆假设和小心求证，根据当前流行的病毒所出现的变异进行了计算分析，率先提出病毒在人群中的传播与流行应早于本次疫情的暴发时间，为今后自然疫源性新发传染病的预防与控制提供了合理建议。
卫生事业管理教研室罗力团队联合计算机学院、软件工程学院，为商委、民政局紧急开发了上海市口罩调配信息系统，在技术和数据集成上帮助实现了每天180万付口罩在全市的配给，助力科学应急管理。预防医学教研室郑频频、高俊岭、戴俊明、傅华等开展了《新冠肺炎防控下的公众心理健康状况调查》，主要关注公众防控知识来源，压力，焦虑及心理韧性与社区支持状况，以分析个体与社区层面的干预对焦虑等心理健康的影响。食品营养与卫生教研室厉曙光教授撰写《面对疫情，如何保证食品安全？》科普推文，发表在大众医学杂志公众号和今日头条上，获得大量阅读和转发。妇幼与儿少卫生教研室蒋泓副教授等正在开展“新型冠状病毒感染的肺炎疫情形势下的孕产保健需求调查”，为疫情防控形势下如何保障孕产妇的保险需求进行深入研究。
