2012年11月16日，诞生于龙年的复旦大学附属儿科医院喜迎建院60周年院庆，也是儿科医院在闵行区万源路399号新医院落成的5周年。
儿科医院作为卫生部唯一一所部属部管的儿童专科医院，长期以来得到党和国家各级领导的关心和大力支持。中共中央政治局常委、上海市委书记俞正声，中共中央政治局委员、上海市长韩正，国家卫生部部长陈竺，上海市人大常委会主任刘云耕，上海市政协主席冯国勤，上海市委常委、纪委书记杨晓渡，上海市副市长沈晓明，上海市副市长赵雯等领导分别给大会发来贺信或题词。上海市副市长沈晓明，校党委书记朱之文，副校长兼上海医学院院长桂永浩，卫生部规财司、市发改委、市教委、市卫生局、申康医院发展中心、闵行区和徐汇区等各级领导，上海和全国各兄弟医院代表以及来自美国、英国、加拿大等国家和地区的国际友人，社会各界嘉宾和医院职工代表等500多人出席庆典活动。大会假上海华亭宾馆举行。
60年来，儿科医院历经二度新建医院及整体搬迁
1952年4月17日，经华东军政委卫生部批准，由西门妇孺医院、中国红十字会第一医院和中山医院儿科合并建成上海第一医学院儿科学院，当初以位于肇嘉浜路446号西门妇孺医院分院为院址，国家儿科学教授陈翠贞担任首任院长。建院之初仅有病床80张，只设儿内科，同时开设隔离病区和相应传染病门诊，医技部门有药房、化验室、放射科和营养室，全院职工164人，其中医生24人，护士49人。当时日均门急诊即达到200人次以上，不久床位增至120张。
1953年，华东卫生部拨给基建经费（万元）1,328,400元，在枫林路183号新建一所设备新型的儿科医院，占地面积33亩，建筑面积11,236.8平方米。 1954年7月新院建成，实际投资1,393,000元，同年迁入新院，工作人员增长至246人，日均门急诊量增至300余人次。至1956年，床位190张；至1958年底，病床300张；1980年，床位增至330张。
2002年，经国家发改委批准，卫生部立项，在上海市委、市政府及闵行区等各级的大力支持下，在万源路的新医院正式立项建设，2007年坐落于闵行区万源路399号的新医院落成，2008年2月29日正式启用。新医院占地153亩，Ⅰ期建筑面积8万多平方米，医院枫林路原址仍保留一定规模的区域性门诊服务功能。新医院核定床位600张，实际开放床位711张，截止2012年7月底，职工1409人，博士生导师23名，硕士生导师35名，高级职称专家111人。2011 年门急诊200.2 万 人次，出院30095 人次，住院手术13108 人次。
60年来，医院历经5次更名
1952年4月17日，成立上海第一医学院儿科学院；1955 年6 月1日，更名为上海第一医学院附属儿科医院；1985年8月，随上海第一医学院更名为上海医科大学附属儿科医院；2000年4月，上海医科大学与复旦大学合并，医院先更名为复旦大学医学院附属儿科医院；2001年2月，更名为复旦大学附属儿科医院。
60年发展，铸就儿科医院在全国儿科界领头羊的学术地位
60年来，医院已发展成设施优良，人才云集，集医教研防为一体的综合性儿童专科医院，是全国儿科学重点学科、国家“211工程”和“985工程”建设单位，先后承担“七五”、“八五”、“九五”、“十五”、“十一五”和“十二五”等国家攻关课题，最早被授予国家儿科学硕士、博士学位授权点，临床医学（儿科学组）博士后流动站的单位。目前是中华医学会儿科分会主任委员单位和《中华儿科杂志》总编辑单位；上海医学会儿科学会主任委员、上海医学会小儿外科学会候任主任委员单位。有20位专家在中华医学会儿科学领域相关学组及其它全国性医学专业组织中担任领导职务。医院是卫生部和上海市儿科专科医师及住院医师规范化培训基地。复旦大学上海医学院儿科学系设在儿科医院，承担研究生、本科生、进修生等教学任务，儿科学获教育部精品课程和优秀教学团队。
医院现有43 个临床专业医技科室，拥有新生儿、儿科重症医学、小儿消化科、中医儿科和新生儿疾病重点实验室等5个国家临床重点专科，有新生儿、小儿外科、小儿心血管、儿童传染病等4个卫生部临床学科重点专业；儿内科是上海市重中之重重点学科。
2006年以来，儿科医院共获得国家自然科学基金76项，“863”、“973”等国家重大科研项目7项，卫生部行业专项基金重大项目2项。部委级项目91个，局级项目84个，先后获得各类科技成果奖25项，国家级成果奖7项。“十一五”期间共出版专著29部，授权发明专利1项、授权实用型专利1项；在核心期刊发表论文811篇，SCI论文270篇。2011年发表SCI收录论文73篇，影响因子总分达206.402分。
医院高度重视对外学术交流和合作，努力构建儿科医学与国际交流的桥梁。立足内涵建设，拓展交流合作，先后与美国费城儿童医院和加拿大BC 儿童医院、美国辛辛那提儿童医院和约翰.霍普金斯大学儿童医院等20 个国际知名的医学机构建立了密切的友好协作关系，并与国内30多家医院建立长期交流合作和技术支持关系，为促进我国的儿童医学事业发挥领头羊的作用。
医院始终坚持贯穿“以人为本”的医院文化，构建和谐稳定的医院环境，立足公立医院本职，深入开展内部管理改革，提高人文素质，彰显学科优势，加快专科化进程，培育优秀人才，以严格的管理、优质的服务、良好的医德、一流的技术以及综合优势明显的儿童专科特色获得了国内外广大患者的信任和社会各界的赞誉，2000年以来连续六届蝉联上海市文明单位。2010 年获第三届全国医院卫生文化建设先进单位。
努力实现“十二五”和中长期发展规划宏伟蓝图
“十二五”这将是儿科医院又一次发展机遇，医院将以60周年院庆为契机，再接再厉，继续遵循“一切为了孩子”的服务宗旨；牢记“建树医学典范，呵护儿童健康”的使命；坚持“立足上海、服务全国、辐射亚洲”的服务定位；恪守“勤奋、创业、团结、奉献”的医院精神；努力实现“成为亚洲一流的儿童医疗中心，成为儿科医学教育向全国辐射的中心，成为国际儿科学术交流的主要桥梁”的愿景目标。努力实现“十二五”规划床位1000 张，总建筑面积155019 平方米；其中新增科研楼12840 平方米，住院综合楼47133 平方米，教学综合楼16003 平方米的目标。进一步加强万源路新院与枫林路老院之间的衔接工作，为上海市以及我国的儿童医疗卫生保健事业的发展作出更大的贡献。
