“我校考古学科建设发端于上世纪80年代初，以历史学系文博教研室开展文物博物馆学教学科研为起始，同时，物理二系也开展了文物保护、科技考古的教学与科研。1989年成立文博学院。随后，生命科学院等单位也开始分子考古学等研究。现考古学一级学科的主要建设单位为文物与博物馆学系。该系也是国内创办时间最长、影响最大的文博教学与科研的高教机构之一。一级学科为考古学，专业方向有考古学、博物馆学、文化遗产学等。这三个相互关联、互为支撑的主要方向，能为考古与文化遗产提供包括发掘、研究、保护、展示传播的综合解决方案，是我校的独特优势。”
根据国家文物局办公室关于公示考古发掘资质单位的通知，我校被国家文物局授予考古发掘资质。这是除上海博物馆外，上海第二家获此资质的单位。拥有这一资质的全国高校，目前不到20所。
科技考古研究院院长袁靖说，“以前我们与考古机构合作参与实地发掘，而现在可以自己‘组团’，以考古团体领队的角色制定发掘思路和方案。”这意味着，我校考古学科的发展迈出了实质性的一大步。
在20世纪70年代，学校就开启了科技考古的研究历程。1976年，物理二系的李郁芬教授 率先对西汉透光镜进行研究，其成果荣获1978年全国科学大会奖；1978年，杨福家院士开始参与对越王勾践剑的成分研究；自20世纪后半段以来，干福熹院士一直从事对古代玻璃的研究。这三位学者用创新性的思考和优秀的成果为复旦的科技考古书写了灿烂的开篇。
2017年9月，作为学校双一流重点建设平台的复旦大学科技考古研究院挂牌成立，在“科 技考古”的大框架下，研究领域包括环境考古、植物考古、动物考古、同位素分析、DNA 研究、 陶瓷考古和丝绸之路考古等。新建了环境考古实验室、植物考古实验室、动物考古实验室、同位素分析前处理室等4个实验室，为开展相关研究搭建了良好的平台。这是考古学方向推进以科技考古为主要增长点的有力举措。
研究院与国内外多家考古研究和教学机构合作，实行强强联合，共同开展研究。参与了以中国考古学会颁发的一等奖陕西省凤翔县血池遗址、二等奖浙江省宁波市大榭遗址、宁夏回族自治区彭阳县姚河源遗址、新疆维吾尔自治区奇台县石城子遗址和三等奖陕西省西安市杨官寨遗址等5个遗址为代表的多个遗址的研究工作，与考古研究人员一起全面获取古人遗留下来的珍贵信息并凝练其重要的学术价值。
开设有“中国科技考古的发展与前沿研究”“科技考古导论”“东亚史前考古”“动物考古”和“同位素分析”等5门课程，帮助学生开拓视野，增长知识。 承担有国家社会科学基金、国家自然科学基金、国家博士后基金、上海市超级博士后基金、日本文部科学省科学研究费补助金、复旦大学科技考古研究院资助的10余项课题，参与3项2018年国家社会科学基金重大课题，还有3个横向课题。围绕古代环境、古代动植物、古代食谱、古代人和动物的基因、古代陶瓷、丝绸之路及生业在古代文明和历史兴衰过程中的作用等开展研究。
出版的独著、合著和主编的专著及论文集有《中国科技考古导论》《中国科技考古纵论》《中国古代物质文化史·陶瓷卷(上)》《哥窑的新发现》《北宋龙泉窑研 究论文集》。另外，还在《考古》《考古学集刊》《江汉考古》《东南文化》《南方文物》《文物天地》及《中国文物报》上发表论文和相关文章18篇。
主要研究项目
史前的“人类命运共同体”——丝绸之路之前的欧亚交流研究
以新疆和甘青地区多个遗址出土的人骨同位素、动植物遗存、冶金遗物等多种考古材料为证据，探讨与丝绸之路相关的东西方陆上交流
历史事件的环境背景
在中原地区展开的调查结果显示，黄河的泛滥与黄河中下游地区社会复杂化的进程有着密切联系
结合考古学和生物学探索亚洲栽培稻的起源与遗传分化
将考古学关注的农业起源问题与生物学的分子遗传技术相结合，从人类生态位构建的全新理论视角探索亚洲栽培稻的驯化起源与籼–粳遗传分化问题
大周原地区新石器晚期至商周时期植物考古研究进展
从已经完成的大植物遗存分析结果来看，大周原地区从新石器时代晚期至商周时期始终都保持了以粟为主的农作物组合。结合相关历史文献可以进一步推断，小麦在关中地区真正开始大规模地种植至少要在汉代以后
甘肃早期铜器发现和研究的新进展
河西走廊地区的冶金活动开始于约距今4100~4000年的马厂文化晚期；至距今4000~3700 年左右的西城驿文化时期，冶金活动达到鼎盛，形成“西城驿—齐家冶金共同体”。
